Eisenstadt első ismert írásos említése 1264-ből származik. A latin nyelvű oklevélben „Capella sancti Martini de minore Mortin” bejegyzés található, amely jelentése: Szent Márton kápolnája „Kis Mártonban”, valamivel később németül „wenig Mertersdorff”-ként említik.
Akkoriban egy jelentéktelen falu volt, amely valószínűleg a fenti Szent Márton kápolnából és néhány házból állt. A 13. század végétől kb. a 14. század közepéig kismarton a Gut-Keled család birtokában volt, 1296-ban Mortunzzabou, 1300-ban pedig Zabemortun a neve.
Lajos király egyik 1371-es oklevelében a város a Hornsteini Uradalom részeként szerepel. Birtokosa a Kanizsai család, amely még ebben az évben a várost királyi engedéllyel erős fallal veteti körül („villa seu oppidum Zabamortum”). Egyidejűleg egy várat is építettek itt és ezzel megindult a város fejlődése is.
A várost az erős védőfala miatt, miután bevehetetlennek tartották „Eherne” vagy „Eiserne” névvel is illették. Ebből alakult ki a mai Eisenstadt elnevezés.
A város ősi település helyén fekszik. Számos lelet bizonyítja, hogy a Burgstallberg már a Hallstatti kultúra idején is lakott volt. Később a kelták és a rómaiak telepedtek meg itt. Az egykori római település a mai kaszárnya területén volt, amit a számos feltárt lelet is bizonyít. A népvándorlás idején a környék különböző germán törzsek és a hunok küzdőtere lett.
568-ig a longobárdok éltek a környéken. Utánuk az avarok jöttek. A karolingok idején 800 körül megkezdődött a bajuvarok letelepedése, amely a magyarok leverése után tovább folytatódott.
1118-ban „castrum ferreum”-ról tesznek említést az análék, míg az első ismert írásos említés 1264-ből származik.
1300 körül a település neve „Zabemortum”, a szó „zabe” jelentése szabad, ami arra utal, hogy „Mortun” (Klein-Martinsdorf) már bizonyos szabadságjogokkal rendelkezett, valószínűleg vásárokat tartottak itt.
1373-ban kapott „Eysenstat” városjogot, 1388-ban pedig vásárjogot. Ebben az időben emelteti a Kanizsai család az erős városfalat és a falon belül épül meg a vízivár.
1440-45-ben a Kanizsaiak elvesztik a várost, amely VI. Albrecht herceg zálogába megy át.
Az 1491-es pozsonyi béke majd 15 éves osztrák fennhatóságot eredményez a városnak. A város a következő évtizedekben különböző osztrák nemesi családokhoz kerül zálogba.
1529-ben és 1532-ben a törökök elfoglalják és innen támadják Bécset. A városfalat megerősítik és bástyákkal látják el. 1530-ban a református gondolatok elérik Eisenstadtot is, a század közepén a polgárok többsége lutheránus. 1585-ben végbement az ellenreformáció a bécsi udvar segítségével. 1589-ben a város nagy része leég.
A Fraknói és az eisenstadti Uradalom elzálogosításával 1622-ben Esterházy Miklósé lesz a birtok és marad is a következő három évszázadban a család tulajdonában.
Amikor 1648-ban a nyugat-magyarországi elzálogosított részeket a császárság újra magához szerette volna venni., Eisenstadt polgármesterének, Paul Eisforthnak sikerült a várost 16000 gulden és 3000 mérő bor (értéke 9000 gulden) ellenében kivásárolnia, így lett Eisenstadt szabad királyi város.
1671-ben az eisenstadti zsidók lakóhelyüket a számukra kijelölt Alsóhegyre tették át. A gettó itt önálló egységet képezett a városon belül. 1674-ben létrehozták a kórházat és 1701-ben megkezdődött a Hegyi templom (Bergkirche) építése.
Először építőmunkások, majd a hercegi tisztviselők és művészek költöztek a Felsőhegyre.
1704-ben és 1706-ban a kurucok elfoglalják a várost. 1768-ban nagy tüzek pusztították el a várost, 1776-ban a városközpontot újjáépítették.
A virágzó polgári kultúra tükrözödött a 2-3 emeletes épületek megjelenésében. Részben még késő gótikus boltozatok, ill. barokk homlokzatok formájában. De középkori elemek is megfigyelhetők, a már említett városfal és a lőportorony esetében.
Mindezek ma is harmonikusan illeszkednek a város építészetébe, a Szent Márton templom (dóm) kimagaslásával. 1713-ban a pestis sok áldozatot szedett magának, egyebek között Esterházy Pál herceg is áldozatául esett.
1761-ben Joseph Haydn az Esterházy udvari zenekar helyettes vezetője lesz és ezzel új fejezet kezdődik az európai zenekultúra történetében, amely a várost világszerte ismertté tette.
A város I. és II. Miklós herceg idején élte virágkorát. 1809-ben a francia csapatok elfoglalják Eisenstadtot. 1813-ra a hercegi ház eladósodik, így kénytelenek lesznek takarékosabban bánni a pénzzel. A híres udvari zenekart feloszlatják .
Az 1848-as forradalom viharos eseményei a várost alig érintik. 1853-ban megkezdik a kadétképző iskola építését a város szélén.
A magyar közigazgatási reform szeint 1876-ban Eisenstadt elveszti a szabad királyi város jogot. Innentől kezdve „Stadt mit geregeltem Magistrat”, amely a vármegyének van alárendelve. 1897-ben az összekötő vasúti szakasz kiépítésével elérhetővé válik Sopron és Pozsony.
1918-ban az első világháború után, a Monarchia összeomlik és kérdésessé válik melyik országhoz is tartozik Eisenstadt.
A többéves tárgyalások eredményeként, a trianoni békeszerződés értelmében a mai Burgenland 1921. augusztus 28-án kerül Ausztriához. Miután Sopron 1922-ben a népszavazás szerint Magyaroszágon marad, ezért az új osztrák tartomány kormánya Eisenstadtban telepedik meg.
1925. április 30-án lesz hivatalosan is Eisenstadt a tartomány fővárosa és a tartományi kormány székhelye. 1938-ban elveszti a tartományi főváros funkcióját, mivel Burgenland Steiermark és Reichsgaue Niederdonau tartományba olvad be.
Eisenstadt neve magyar nyelvterületen mind a mai napig Kismarton (vö. Wien – Bécs).
A zsidók náci üldözése a Eisenstadt történetének legsötétebb fejezete.
1944. május 5-én súlyos bombatámadás éri a várost. 1945-ben a Vörös hadsereg csapatai elfoglalják a várost. A tartományi kormány székhelye az Esterházy-kastély lesz, Eisenstadt pedig úujra a tartomány fővárosa.
A szovjet megszállás vége, amikor is aláírásra kerül az osztrák államszerződés. 1960-ban a város a katolikus egyházmegye és egyidejűleg az evangelikus szuperintendancia székhelye lesz. A következő évtizedek a gazdasági növekedéssel a városképet is megváltoztatták.
